Lungo il fianco settentrionale della chiesa sono state rinvenute delle sepolture riferibili ad undici individui. Perlopiù sistemate alla meglio direttamente seguendo l’andamento del banco di roccia e quindi variamente orientate; la presenza di chiodi suggerisce che alcuni inumati erano posti in casse lignee. Pochi sono gli elementi di corredo rinvenuti, quali spilloni in osso, cilindretti bronzei cavi e un anello dello stesso metallo. Solo per due sepolture è stata ipotizzata l’inumazione in una fase precedente alla costruzione della chiesa, mentre il resto di queste è certamente successivo.

Tra le evidenze archeologiche emerse, all’esterno lungo il lato occidentale, si segnala una sepoltura scavata nel banco di roccia, relativa a un individuo del VI sec. a.C., con un unico elemento di corredo, una brocca trilobata. Una moneta di rame, databile al XV secolo e riutilizzata come pendente, è stata rinvenuta nei pressi dell’area degli scavi degli anni ‘90. 

Nel cortile meridionale del monastero, nella sede del chiostro, gli scavi hanno portato alla luce un articolato e diffuso sistema di canalizzazioni e pozzi ottenuti nel banco di roccia; in generale resti affini sono emersi in diversi punti del complesso architettonico. Sono riferibili alle attività agricole precedenti l’impianto degli edifici medievali e, in particolare, sono connesse alla coltura della vite. Testimonianze simili, inquadrabili tra l’età greca e l’età romana repubblicana (V-I secolo a.C.), sono piuttosto diffuse nel territorio circostante, come quelle emerse presso Torre Montello, in località Le Petrose e nel corso degli scavi presso la raffineria Eni.  

Le indagini archeologiche all’interno del refettorio, edificato probabilmente nel XIV secolo, hanno consentito di portare alla luce due cisterne voltate a botte, di differenti dimensioni, riferibili cronologicamente alla fase d’impianto dell’edificio. 
Presso l’angolo nord-occidentale della struttura, a breve distanza dalla cisterna più grande, sono stati individuati i resti di una pavimentazione delimitata da due strutture murarie conservate parzialmente; questi resti sono riferibili a un vano in cui è possibile riconoscere ipoteticamente una cucina in uso a partire dal XV-XVI secolo.  

Sulla base di alcuni elementi strutturali la porzione recuperata dell’imbarcazione verosimilmente è pertinente alla poppa. Lo scavo archeologico e le datazioni archeometriche al C14 hanno consentito di datarla tra il XVI ed il XVII secolo d.C. L’indagine ha consentito di recuperare, inoltre, numerosi reperti archeologici che, a causa delle cattive condizioni di rinvenimento, non permettono di individuare i possibili elementi relativi al carico dell’unico relitto noto nella baia, oppure di isolare gruppi ceramici riferibili a carichi di altri navigli o alle fasi di frequentazione antica dell’isolotto di San Nicolicchio. Questi, infatti, abbracciano un orizzonte cronologico che va dal IV secolo a.C. ai giorni nostri. 

Ha restituito diverse testimonianze della frequentazione antropica nel tempo. Qui, infatti, sono emerse tracce riferibili all’età neolitica e sporadiche presenze di età romana imperiale (II-III secolo d.C.). Sono leggibili tagli di cava, buche di palo e sono attestate alcune sepolture verosimilmente d’età medievale.
Dalle fonti si apprende che sull’isolotto fosse presente il monastero di San Nicola Vetrianolo donato nel 1119, insieme a Santa Maria della Giustizia, alla chiesa di San Pietro Imperiale (attuale San Domenico in Città Vecchia). Nel documento è menzionata la presenza di due schivi, piccole imbarcazioni da pesca, in uso presso il monastero.
L’isolotto di San Nicolicchio ha poi avuto una funzione strategica e di approdo per le truppe spagnole e francesi, che installarono una batteria difensiva con sei cannoni agli inizi del XIX secolo.